Home / Artikel / SARS-CoV-2, Lemah tetapi Cerdas

SARS-CoV-2, Lemah tetapi Cerdas

Selama obat generik belum ditemukan, kita jangan takut menghadapi Covid-19. Genom tubuh kita dibekali kemampuan menghasilkan 100 juta jenis antibodi berbeda, melawan 100 juta jenis penyakit berbeda.

KOMPAS/HENDRA A SETYAWAN—Peneliti dari Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) membuat purwa rupa masker kain desinfektor lapis tembaga anti Covid-19 di Laboratorium Pusat Penelitian Fisika LIPI, Puspitek, Tangerang Selatan, Banten, Selasa (2/6/2020). Masker kain yang terbuat dari material ini diklaim mampu mencegah penyebaran Covid-19.

SARS-CoV-2 adalah virus penyebab Covid-19. Dia adalah makhluk lemah. Dicelupkan dalam air sabun saja, cangkang SARS-CoV-2 sudah ambyar. RNA sebagai intinya pun jadi berkeping-keping.

Namun, jangan salah, SARS-CoV-2 itu makhluk cerdas. Sekali mendapat kesempatan hinggap dalam sel inang yang cocok, virus ini sulit dikendalikan. Untuk membunuh manusia, dia tidak perlu otot yang kuat, cukup menyumbat saluran pernapasan dengan gelembung lendir. Hanya dalam beberapa saat, orang yang awalnya bugar langsung KO. SARS-CoV-2 memang memiliki kecerdasan genetik.

Manusia yang dianggap paling cerdas di bumi, terpenjara di rumah gara-gara segerombolan makhluk tak kasatmata bernama SARS-CoV-2. Merekalah penguasa bumi saat ini.

Bagaimana mungkin makhluk yang disusun oleh 30.000 basa nukleotida RNA ini bisa mengalahkan manusia dengan 3 miliar basa nukleotida DNA?
Kuncinya pada kemampuan genom SARS-CoV-2 mengekspresi protein yang bekerja sangkil dan mangkus. Cukup hanya dengan kerja sama 29 protein.

Pada 3 April 2020, dalam kolom sains The New York Times, Jonathan Corum dan Carl Zimmer melaporkan 29 jenis protein yang diekspresikan genom SARS-CoV-2 dan perannya masing-masing. Mereka bekerja sama dalam satu harmoni, membuat SARS-CoV-2 bisa eksis dan bahkan merajai dunia.

Protein SARS-CoV-2 dibagi menjadi dua kelompok, yaitu protein NSP (dilabel dengan nomor protein 1 sampai 16) yang berfungsi untuk menyerang, merampok, dan kabur, sementara protein SP (terdiri dari protein S, M, N, E, dan aksesorinya) berfungsi membangun struktur SARS-CoV-2.

Jika udara yang terkontaminasi tetesan SARS-CoV-2 terhirup seseorang, virus korona ini mendapatkan habitat yang pas untuk tumbuh dan berbiak di dalam saluran pernapasan sel inang yang terinfeksi. Dengan bantuan protein S pada permukaan, SARS-CoV-2 menancap pada reseptor ACE2 (angiotensin-converting enzyme 2) yang terdapat pada permukaan organ paru-paru dan kemudian menginfeksi sel-sel paru-paru.

Sebanyak 265 nukleotida pertama dari genom SARS-CoV-2 merekrut mesin translasi di dalam sel terinfeksi untuk membaca nukleotida RNA—a, c, g dan u—dan menerjemahkannya menjadi protein-protein virus korona. Ibarat tentara, protein-protein ini merupakan pasukan khusus yang siap tempur melawan pasukan reguler sel inang berupa sistem kekebalan tubuh.

KOMPAS/HENDRA A SETYAWAN—Peneliti dari Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) membuat suplemen jus fermentasi jambu merah di Laboratorium Pusat Penelitian Kimia LIPI, Puspitek, Tangerang Selatan, Banten, Selasa (2/6/2020). Jus jambu merah yang difermentasi dengan simbiotik antara bakteri d ragi (kultur scoby) ini menghasilkan senyawa organik seperti asam asetat, laktat, butirat, asam hialurat yang dapat meningkatkan sistem imunitas tubuh untuk pencegahan Covid-19.

Protein korona
Protein pertama yang dibuat SARS-CoV-2 adalah protein penyabotase (NSP1). NSP1 membajak sistem sintesis protein sel terinfeksi dan memaksanya untuk membuat protein virus lebih banyak. Selain itu, NSP1 juga mencegah sel terinfeksi membuat protein antivirus. Dibantu dengan NSP9, segala pergerakan molekul masuk dan ke luar dari inti sel diawasi.

Untuk berbiak, SARS-CoV-2 perlu menduplikasi untaian nukleotida RNA menjadi genom virus baru yang dikatalisis oleh NSP12 bekerja sama dengan NSP7 dan NSP8.

Obat antivirus remdesivir untuk virus korona lain, yang diujicobakan pada pasien Covid-19, bekerja mengganggu kerja NSP12 ini sehingga proliferasi genom SARS-CoV-2 dapat ditekan. NSP12 adalah protein unik yang dapat mereplikasi RNA dengan cepat meski hasil replikonnya belum tentu akurat. Ini bisa jadi menjelaskan mengapa SARS-CoV-2 ”mudah bermutasi”. Mutasi senyap tidak mengganggu kinerja protein SARS-CoV-2. Namun, SARS-CoV-2 memiliki NSP14 yang mengoreksi urutan nukleotida yang salah menjadi urutan benar sehingga virus tetap dapat bertahan.

Untuk menyiapkan anakan virus baru, NSP 6 dibantu NSP3 dan NSP4 membuat gelembung tetesan. Dalam gelembung inilah virus-virus baru menyebar: jika orang yang terinfeksi bersin atau berbicara tanpa masker.

Kecerdasan SARS-CoV-2 yang lain adalah kemampuan kamuflase. Pada virus lain, kamuflase dengan cara mengubah RNA virus menjadi DNA dan kemudian berintegrasi dengan DNA kromosom inang. Namun, dari NSP yang telah diidentifikasi dari genomnya, SARS-CoV-2 tidak punya perangkat transkriptase balik (reverse transcriptase) sehingga ia tidak mungkin berlindung di dalam DNA kromosom sel inang. SARS-CoV-2 memiliki NSP10 dan NSP16 yang bertugas menyamarkan RNA virus agar tidak dihancurkan oleh RNA sel inang.

Analogi dengan mekanisme perlindungan asam nukleat dari nuklease yang dihasilkan oleh sel itu sendiri. Kemungkinan kerja NSP10 dan NSP16 adalah memodifikasi RNA virus secara kimia sehingga tidak dapat dihancurkan oleh RNA sel inang.

Aktivitas infeksi SARS-CoV-2 tentu akan mengganggu homeostasis pada sel inang. Ini akan menyalakan alarm sistem kekebalan tubuh orang. Debris/potongan molekul RNA saat replikasi berlangsung yang masuk ke dalam aliran darah akan menjadi pirogen. Ini menjelaskan gejala demam pada orang yang terinfeksi SARS-CoV-2.

Namun, terkadang juga dijumpai orang terinfeksi tetapi tanpa gejala. SARS-CoV-2 memiliki NSP15 yang bertugas memotong-motong sisa RNA. Jika kerja NSP15 sempurna, debris pirogen tidak ada sehingga tak ada gejala demam.

Jangan takut
Selama obat generik belum ditemukan, kita jangan takut menghadapi Covid-19. Genom tubuh kita dibekali kemampuan menghasilkan 100 juta jenis antibodi berbeda, melawan 100 juta jenis penyakit berbeda.

Apabila terinfeksi virus baru, tubuh kita belum punya pengalaman (memori) sehingga perlu waktu menyiapkan antibodi baru yang cocok. Untuk itu, perlu asupan gizi khususnya tambahan imunomodulator.

Laporan perkembangan kasud Covid-19 menunjukkan kecenderungan pasien yang pulih meningkat melebihi yang meninggal. Ini mengindikasikan paramedis juga telah mengetahui tindakan melawan Covid-19. Sembuh dari serangan SARS-CoV-2, ibarat tentara tubuh (sistem kekebalan tubuh, termasuk antibodi) menang perang atas tentara virus (protein NSP dan NS). Sekali seorang pasien selamat, tubuhnya punya memori untuk melawan Covid-19 selamanya.

Informasi protein pembangun struktur SARS-CoV-2 dapat menjadi titik awal untuk mengembangkan riset vaksin atau obat di masa mendatang. Penelitian bioteknologi perlu mengeksplorasi aplikasi protein S dari SARS-CoV-2 sebagai calon potensial vaksin Covid-19 masa depan.

(Zeily Nurachman Guru Biokimia, FMIPA, ITB)

Sumber: Kompas, 4 Juni 2020

Share
x

Check Also

Rasionalisasi Penerapan Kriteria ”Sembuh” dari Covid-19

Berkaca dari penerapan normal baru di sejumlah daerah di Indonesia, normal baru yang diterapkan dianggap ...

%d blogger menyukai ini: